「NS相違」の表示は、ドメイン設定をしたドメインのネームサーバーが、シンレンタルサーバーのネームサーバーとは異なる場合に表示されます。

最終的にシンレンタルサーバーのネームサーバーに変更する場合

ドメイン設定時点で「NS相違」と表示されていても問題ありません。

ネームサーバー変更後、ネームサーバーが浸透すれば「NS相違」の表示は消えます。

他社ネームサーバーを利用される場合

「NS相違」と表示された状態で問題ありません。

参考：ネームサーバーについて