以下に該当しないかご確認ください。

ファイルやフォルダの名前に日本語などの全角文字や半角スペースを使っている

FTPソフトの文字コード設定の変更によって削除が可能になる場合があります。
また、FileZillaのソフトを利用する事で削除できる場合があります。
上記お試しいただくも、依然として削除できない場合はメールサポートまでご連絡いただければ削除ができない原因を可能な範囲で確認いたします。

※サポートへのご連絡の際は、削除できないファイル名・フォルダ名と該当ファイル・フォルダが設置されているパス（階層）をお知らせください。

※削除をサポートで代行するという対応はいたしておりません。

削除できないファイルが設置されているフォルダのパーミッションに誤りがある

フォルダのパーミッションを「705」へ変更したうえで、フォルダ、ファイルの削除が可能かご確認ください。

SSHでの削除を試す。

FTPソフトで削除ができない場合、SSHでの削除が可能かどうかをお試しください。
SSH接続にはTeratermなどのソフトをご利用ください。